(1)有機肥所含的營養(yǎng)成分不是全能的。有機肥含有多種養(yǎng)分，相對于養(yǎng)分單一的化肥是優(yōu)勢，但養(yǎng)分不均衡，不能滿足農(nóng)作物高產(chǎn)的需要。

(2)有機肥分解慢，肥效晚。有機肥中營養(yǎng)元素含量雖然齊全，但含量較低，在土壤中分解較慢。有機肥用量不大，很難滿足作物對營養(yǎng)元素的需求。

(3)有機肥需要發(fā)酵。部分有機肥含有病菌、蟲卵和雜草種子，有些有機肥含有不利于作物生長的有機化合物。因此，它們應(yīng)該在施用前進行發(fā)酵和加工，生糞不能下地。

(4)腐熟有機肥不應(yīng)與堿性肥料和硝態(tài)氮肥混施。