隨著化肥施肥量的增加，土壤結(jié)構(gòu)破壞，有機質(zhì)出現(xiàn)含量下降等現(xiàn)象，在某些地區(qū)出現(xiàn)如河流湖泊富營養(yǎng)化、農(nóng)產(chǎn)品質(zhì)量下降等一系列嚴重的生態(tài)和環(huán)境問題。因此，微生物肥料越來越受歡迎。微生物肥料可以有效利用大氣中的氮素或土壤中的營養(yǎng)資源，可以降生產(chǎn)成本，增加作物產(chǎn)量，改善作物質(zhì)量，減少環(huán)境污染，并在某些程度上改善土壤的理化性質(zhì)等，在農(nóng)業(yè)長期可持續(xù)發(fā)展的道路上，微生物肥料是不可或缺的一員。微生物菌肥的獨特優(yōu)勢體現(xiàn)在以下幾個方面：

“無中生有”，給予農(nóng)作物可利用的營養(yǎng)，減少化肥用量，節(jié)約成本。微生物菌肥含有不同的活性微生物。固氮微生物可以通過固氮酶的作用將空氣中的氮轉(zhuǎn)化為農(nóng)作物中可以被吸收得氨，減少化肥的施用量。可以加速分解土壤中的有機物質(zhì)為作物可以直接吸收的小分子營養(yǎng)物質(zhì)。微生物肥料利用了微生物的獨特特性，可以增加土壤中的有效養(yǎng)分為目的，施用量一般較小，生產(chǎn)過程中消耗的能量也很少。施用微生物肥料還可節(jié)省化肥施用量，因此節(jié)約了施肥成本。

提高作物產(chǎn)量，改善作物品質(zhì)，實現(xiàn)豐收、效益好。微生物菌肥中含有一些微生物，它們的代謝產(chǎn)物可以使作物生長。并且還為作物提供微量元素，能使作物根系的生長發(fā)育，增強抗病抗體抵御干旱和寒冷的能力。由于抗逆性的增強，農(nóng)作物用藥少，病害少，品質(zhì)有了很大的提高，再加上微生物菌肥中的一些代謝產(chǎn)物，有促早熟的作用。微生物菌肥應(yīng)用與不使用生物菌肥的作物相比，經(jīng)濟效益可觀。